マネジメントの方法としては、1-1-2-2で述べたマネジメント対象企業と大学とが公正な関係を維持するために、必要な措置を講ずる必要があります。すなわち、当該企業と大学との間で、新たな取引(大学から企業に対する調達行為、ライセンス、機器や施設の貸与、委託行為等)を行う際に、COIによる弊害がないことの確認及び、社会や国民に対して公正な取引であることを説明できる状況を担保しておく必要があります。具体的には、マネジメント対象企業とあらたな契約を締結する際に、組織としてのCOIマネジメント対象企業である旨を、決裁書類に明示し審議するなど。

また、新たな取引については、上記の通り多様な形態であり、かつ大学内の多様な部署が所掌するものであるため、マネジメント担当部署に対象企業との新たな取引に関する情報が集約されるような流れを作る必要があります。

1. 組織としてのCOIマネジメント事務局を設置する。
2. 組織としてのCOIマネジメント事務局は、組織としてのCOIマネジメント対象事案（対象企業）を抽出する。
3. 組織としてのCOIマネジメント事務局は、組織としてのCOIマネジメント対象企業との間に発生した新たな取引や契約等が適正に公平に実施されたことの確認を行う。（決裁書類へ組織としてのCOIマネジメント対象案件であることを明示、決裁者の妥当性の確認など）
4. 組織としてのCOIマネジメント事務局は3の結果について、組織としてのCOI状況調書（以下「調書」という。）として、マネジメント委員会に提出する。
5. COIマネジメント委員会で審議する。利益相反マネジメント委員会は4の調書に基づき審議を行い、その結果を外部委員会に報告し、次に外部委員会審査を行う。いずれかの委員会が必要と認めるときは、調査を行う。
6. マネジメント委員会の結果は学長に報告される。
7. 組織としてのCOIマネジメント委員会の結果の公表の必要性の判断については、学長及び広報が決定する。